平潭东庠岛位于福建省海坛岛东北部，是一个四面环海的岛外岛。主岛东部濒临台湾海峡，西部与小庠岛分隔对峙。南部与流水王爷山遥遥相望。

东庠岛内陆腹地三面依山、一面傍水、山峦脉络起伏不大。多为台地、少量低丘、季风明显、气候适中。岛上局部山脉有天然水系，但无天然河流。东庠岛东面与北面濒临台湾海峡，西南与小庠岛对峙，南与流水镇的王爷山遥遥相望。